Eine Ethikkommission bewertet Anträge zur Durchführung klinischer Prüfungen von Arzneimitteln und Medizinprodukten nach ethischen Gesichtspunkten. Neben dem Prüfplan werden auch die Qualifikation der Prüfer und alle Unterlagen, die der Patient im Verlauf der Studie erhalten wird, geprüft. Das sind unter anderem die Patienteninformation, die Einwilligungserklärung, Werbung, die Probandenversicherung und die Aufwandsentschädigung der Patienten. Aber auch die Prüfarztverträge, insbesondere die Honorare für die Prüfärzte, müssen ethisch vertretbar sein und werden deshalb durch die Ethikkommission begutachtet.

In Deutschland unterscheidet man zwischen der federführenden Ethikkommission und beteiligten Ethikkommissionen. Die federführende EK ist die für den Leiter der klinischen Prüfung (LKP) zuständige EK. Bei multizentrischen Studien kommen die für den jeweiligen Prüfer zuständigen beteiligten EKs hinzu. Die federführende EK trifft die Gesamtentscheidung über die Studie. Hier werden alle Unterlagen vollständig eingereicht. Die beteiligte EK bewertet nur die Eignung der jeweiligen Prüfstelle und der Prüfärzte. Sie erhält nur die entsprechenden Qualifikationsnachweise.

Erst nach Genehmigung durch die Bundesoberbehörde (BfArM oder PEI) und nach zustimmender Bewertung durch die Ethikkommission(en) darf eine klinische Prüfung beginnen.